蛋白純化要利用不同蛋白間內(nèi)在的相似性與差異，利用各種蛋白間的相似性來(lái)除去非蛋白物質(zhì)的污染，而利用各蛋白質(zhì)的差異將目的蛋白從其他蛋白中純化出來(lái)。每種蛋白間的大小、形狀、電荷、疏水性、溶解度和生物學(xué)活性都會(huì)有差異，利用這些差異可將蛋白從混合物如大腸桿菌裂解物中提取出來(lái)得到重組蛋白。
蛋白的純化大致分為粗分離階段和精細(xì)純化階段二個(gè)階段。一般蛋白純化采用的方法為樹(shù)脂法。粗分離階段主要將目的蛋白和其他細(xì)胞成分如DNA、RNA等分開(kāi)，由于此時(shí)樣本體積大、成分雜，要求所用的樹(shù)脂高容量、高流速、顆粒大、粒徑分布寬．并可以迅速將蛋白與污染物分開(kāi)，必要時(shí)可加入相應(yīng)的保護(hù)劑（例如蛋白酶抑制劑），防止目的蛋白被降解。精細(xì)純化階段則需要更高的分辨率，此階段是要把目的蛋白與那些分子量大小及理化性質(zhì)接近的蛋白區(qū)分開(kāi)來(lái)，要用更小的樹(shù)脂顆粒以提高分辨率，常用離子交換柱和疏水柱，應(yīng)用時(shí)要綜合考慮樹(shù)脂的選擇性和柱效兩個(gè)因素。選擇性指樹(shù)脂與目的蛋白結(jié)合的特異性，柱效則是指各蛋白成分逐個(gè)從樹(shù)脂上集中洗脫的能力，洗脫峰越窄，柱效越好。僅有好的選擇性，洗脫峰太寬，蛋白照樣不能有效分離。
主要方法：
（1） 根據(jù)分子大小不同的分離方法：透析和超過(guò)濾（利用蛋白質(zhì)分子不能通過(guò)半透膜的性質(zhì)）；密度梯度離心（蛋白質(zhì)在介質(zhì)中離心時(shí)質(zhì)量和密度較大的顆粒沉降較快）；凝膠過(guò)濾（一種柱層析）
?。?） 利用溶解度差別分離：等電點(diǎn)沉淀法（由于蛋白質(zhì)分子在等電點(diǎn)時(shí)凈電荷為零，減少了分子間靜電斥力，因而容易聚集沉淀，此時(shí)溶解度小）；鹽溶與鹽析（利用一定濃度鹽溶液增大或減小蛋白質(zhì)的溶解度）
?。?） 根據(jù)電荷不同的分離方法，主要包括電泳和離子交換層析分離；
?。?） 蛋白質(zhì)的選擇吸附分離（利用顆粒吸附力的強(qiáng)弱不同達(dá)到分離目的）
?。?） 根據(jù)配體特性的分離——親和層析（利用蛋白質(zhì)分子與另一種稱為配體的分子能夠特異而非共價(jià)地結(jié)合這一生物性質(zhì)）
(6) 低溫有機(jī)溶劑沉淀法: 用與水可混溶的有機(jī)溶劑，甲醇，乙醇或丙酮，可使多數(shù)蛋白質(zhì)溶解度降低并析出，此法分辨力比鹽析高，但蛋白質(zhì)較易變性，應(yīng)在低溫下進(jìn)行。
